NTFS文件系统是windows NT核心和高级服务器网络操作系统环境的文件系统，NTFS系统比FAT32的可靠性更高，可以支持更大的分区和更大的文件，此外还有不少FAT32没有的功能，比如压缩分区，文件索引，数据保护和恢复，加密访问等。
exFAT文件系统是微软在windows embeded5.0以上引入的一种适合于闪存的文件系统，主要是为了解决FAT32不支持4G或更大文件的问题而推出的。
NTFS适合于磁盘，exFAT适合于闪存盘，NTFS是日志式系统，不适合在U盘上使用，会大幅度缩短U盘寿命，exFAT是微软特别为U盘推出的专用格式，解决了FAT32不能保存大于4GB的文件的限制，但兼容性不像FAT32好。
